Недостаток наружного оплодотворения ланцетника, заключается в том, что оплодотворение происходит в открытой воде, и на него могут влиять различные внешние условия, такие как температура воды, течение и загрязнение. Кроме того, из−за того, что половые клетки вымётываются в воду, их могут унести течения, и не все из них попадут в нужное место для оплодотворения. Это делает процесс менее контролируемым и увеличивает вероятность того, что многие икринки останутся неоплодотворёнными.