Все органические соединения и значительная часть неорганических подвергаются изменениям под влиянием бактерий: они активно перерабатывают мёртвое органическое вещество, превращая его в перегной, обеспечивая плодородие почв.
Особенно важны для повышения плодородия почвы бактерии, которые усваивают азот, содержащийся в воздухе, и образуют из него вещества, служащие удобрением для растений.
В почве много гетеротрофных бактерий, поедающих гниющие остатки растений, грибов, разлагающих падаль и помёт животных, очищающих сточные воды. В процессе такого питания бактерии переводят органические вещества в неорганические — в минеральные соли.