У подтипа Личиночно−хордовые есть несколько уникальных особенностей:
1. Основные признаки хордовых выражены только в личиночной стадии. У них есть хорда, нервная трубка и способность к передвижению, но эти признаки исчезают в процессе метаморфоза.
2. Метаморфоз. Во взрослом состоянии у этих животных изменяется форма и внутреннее строение, хорда и нервная трубка редуцируются.
3. Оболочка (туника). Тело покрывается особой оболочкой, которая защищает от внешних воздействий.
4. Незамкнутая кровеносная система. В отличие от других хордовых, у них кровеносная система незамкнута.
5. Гермафродитизм и бесполое размножение. Могут размножаться как половым, так и бесполым путём, например, почкованием.