Происхождение ныне живущих рыб доказано на основании данных о древних хордовых животных. Учёные предполагают, что первые хордовые, похожие на современных ланцетников, имели хорду и нервную трубку, расположенную над ней. Это было важным этапом в развитии животных. Древние хордовые, возможно, были похожи на рыб, имели внутренние жабры и придонный образ жизни.
От этих древних хордовых, вероятно, произошли древние рыбы, которые имели ротовое отверстие на нижней стороне тела. У этих рыб передняя часть тела образовывала голову, где располагались органы чувств, а нервная трубка в передней части тела расширялась в головной мозг. Эти данные подтверждают, что современные рыбы произошли от таких ранних хордовых животных, которые жили на Земле более 500 млн лет назад.