Гаметофиты кукушкина льна и плауна булавовидного имеют несколько отличий. Гаметофит кукушкина льна обычно небольшой, с хлорофиллом, и может быть виден на поверхности почвы, где он получает свет для фотосинтеза.
У плауна булавовидного гаметофит (заросток) маленький, до 2−3 см, без хлорофилла и развивается под землёй в симбиозе с грибами. Кроме того, гаметофит кукушкина льна может быть обоеполым, а гаметофит плауна булавовидного — однополым.