Гаметофит плауна булавовидного — это маленькое, до 2−3 см, растение, которое не имеет хлорофилла и развивается под землёй. Он образует ризоиды для закрепления в почве и зависит от симбиоза с грибами для получения питательных веществ. На гаметофите появляются половые органы: антеридии и архегонии, которые служат для размножения.
Спорофит плауна булавовидного — это новое растение, которое образуется после оплодотворения. Он состоит из листа, корня и ножки. Молодой спорофит сначала питается за счёт гаметофита, а затем пробивает его ткань и растёт самостоятельно, продолжая развиваться в верхней части почвы.