Зародыш плауна булавовидного имеет несколько особенностей. Он состоит из листа, корня и ножки. Эмбрион получает питание из резервных веществ в гаметофите, расположенном под поверхностью земли. Первый лист и корень прорастают и выходят наружу, но молодое растение долго остаётся прикреплённым к женскому гаметофиту, используя его питательные вещества для роста.