Споры плауна булавовидного созревают после мейоза в спорангиях, которые находятся на спорофиллах. Эти спорофиллы расположены на верхушках ветвей и образуют спороносные колоски. Споры прорастают в заросток, который может развиваться в течение нескольких лет после высыпания.