Вода. В слове вода есть орфограмма, так как есть выбор букв о − а (в$\frac{о}{а}$да).
Край. В слове край нет орфограммы, так как нет выбора букв.
Том. В слове том нет орфограммы, так как нет выбора букв.
Лом. В слове лом нет орфограммы, так как нет выбора букв.
Бежать. В слове бежать есть орфограмма, так как есть выбор букв е − и (б$\frac{е}{и}$жать).
Гора. В слове гора есть орфограмма, так как есть выбор букв о − а (г$\frac{о}{а}$ра).
Тайна. В слове тайна нет орфограммы, так как нет выбора букв.
Моя. В слове моя есть орфограмма, так как есть выбор букв о − а (м$\frac{о}{а}$я).
Рука. В слове рука нет орфограммы, так как нет выбора букв.

Без орфограммы:
край;
том;
лом;
тайна;
рука.
С орфограммой:
$в\underline{о}д\acute{а} - (в\acute{\underline{о}}дный)$;
$б\underline{е}ж\acute{а}ть - (б\acute{\underline{е}}г)$;
$г\underline{о}р\acute{а} - (г\acute{\underline{о}}рка)$;
$м\underline{о}\acute{я} - (м\acute{\underline{о}}й)$.