Основными отличиями цифровых микроскопов является способность к передаче (трансляции) результатов исследований объектов на расстоянии в режиме реального времени, а также возможность проведения анализа объектов наблюдения на экране монитора персонального компьютера. Кроме того, использование цифрового микроскопа дает возможность сохранения результатов исследования на цифровые носители информации (флеш−накопители и др.), а также позволяет редактировать уже сохранённую информацию при помощи специального программного обеспечения.