Ферменты могут быть простыми, состоящими только из белка, и сложными.
Сложные белки (холоферменты) состоят из двух частей: простого белка (апофермента), и небелковой части − кофактора. Кофактор представлен веществами неорганической природы (чаще всего ионами металлов) или органическими соединениями, которые могут быть либо рыхло связаны с апоферментом (коферментные группы), либо соединяются с ним прочными связями.