Селекция микроорганизмов кардинально отличается от методов селекции животных и растений. Это связано с тем, что на небольшой территории в специальных аппаратах с питательной средой в считанные дни можно вырастить миллиарды особей. В такой ситуации появляется возможность более эффективного использования мутационных процессов. Геном у большинства микроорганизмов гаплоидный, что позволяет выявлять мутации в первом поколении.