Преимущество внутреннего скелета над внешним в том, что он растёт вместе с организмом и не требует линьки, как у животных с внешним скелетом. Это делает рост и развитие хордовых более безопасным, так как им не нужно сбрасывать защитный покров, становясь уязвимыми. Внутренний скелет также лучше поддерживает тело и позволяет прикрепляться к нему мышцам, что даёт больше возможностей для активного движения.