Так называемые главные железистые клетки секретируют в полость желудка пищеварительные ферменты в неактивной форме. Основной из них пепсиноген. Под действием соляной кислоты фермент переходит в активную форму — пепсин и расщепляет белки до пептидов. Соляная кислота не только создаёт необходимую среду для работы фермента, но и уничтожает многие вредные микроорганизмы, проникшие с пищей.