Отличие разноспоровых и равноспоровых плаунов заключается в том, что у равноспоровых все споры одинаковые, а у разноспоровых образуются два типа спор. В микроспорангиях формируются микроспоры, а в мегаспорангиях — мегаспоры. Также у равноспоровых гаметофиты обоеполые, а у разноспоровых гаметофиты однополые.