Инфузорию−туфельку считают более высокоорганизованным организмом, чем амёбу протей, потому что у неё сложное и постоянное строение. Инфузория передвигается с помощью многочисленных ресничек, а амёба — ложноножками, что менее эффективно. У инфузории есть два ядра: большое регулирует обмен веществ, а малое участвует в половом процессе, тогда как у амёбы только одно ядро. Для захвата пищи у инфузории есть клеточный рот и пищеварительные вакуоли, а выделение воды происходит через сократительные вакуоли. Всё это делает инфузорию более высокоорганизованным простейшим.