Усложнение строения эвглены зелёной по сравнению с амёбой протей проявляется в нескольких аспектах:
1. Форма тела. Эвглена имеет постоянную форму тела, которая бывает веретеновидной и поддерживается уплотнённой цитоплазмой, образующей пелликулу. Амёба же имеет амёбоидную форму, её тело постоянно меняет форму из−за движения псевдоподий.
2. Наличие жгутика. Эвглена оснащена жгутиком, который помогает ей двигаться и ориентироваться в пространстве. У амёбы движения осуществляются с помощью псевдоподий, которые образуются путём выпячивания цитоплазмы.
3. Органеллы. Эвглена имеет светочувствительный глазок, который позволяет ей ориентироваться в пространстве по освещённости. У амёбы таких органелл нет.
4. Питание. Эвглена может осуществлять фотосинтез, имея хлоропласты, и также может поглощать органические вещества, как гетеротроф. Амёба же всегда использует гетеротрофное питание, захватывая пищу с помощью псевдоподий.
5. Организация клетки. Эвглена имеет более сложную организацию клеток, с выраженными органеллами, в то время как амёба представляет собой более простое строение клетки.