Видовой состав фораминифер служит хорошим показателем условий среды обитания, так как эти организмы чувствительны к изменениям температуры, солёности и глубины воды. Одни виды обитают в тёплых тропических водах, другие — в холодных полярных регионах. Уровень солёности также влияет на их распространение: некоторые виды приспособлены к высоким уровням солей, а другие живут в менее солёных водах. Глубина обитания фораминифер зависит от их адаптации к давлению, освещённости и содержанию кислорода. Кроме того, состав и структура их раковин отражают химические свойства воды, такие как концентрация углекислого кальция. Исследование фораминифер позволяет учёным восстанавливать климатические и экологические условия прошлого и отслеживать изменения в экосистемах.