В декабре 1564 года Иван Грозный с семьей и приближенными неожиданно выехал из Москвы в Александрову слободу. В начале 1565 года он направил в Москву две грамоты, которые надлежало огласить на Красной площади. В первой грамоте, адресованной митрополиту Афанасию, царь обвинил бояр и духовенство во многих «изменных делах», в расхищении казны и земель, в нежелании защищать царя от «недругов его». Иван объявлял, что оставляет престол и поселится там, «где Бог наставит». Во второй грамоте, адресованной жителям посада, он, объясняя причины отречения, выставил себя защитником «черных» людей от боярского своеволия. В Москве началась паника. Горожане, которых в меньшей степени коснулись царские гонения, потребовали от духовенства и бояр уговорить царя вернуться на царство и пообещали, что государевых «лиходеев и изменников» они сами «потребят» (истребят).
В Александрову слободу выехала делегация духовенства и бояр. Иван заявил, что вернется только при условии предоставления ему права казнить «изменников» (т. е. всех неугодных) по своему усмотрению. Он потребовал также учредить в стране особый порядок, получивший название опричнины (от слова «опричь» − кроме). Этот порядок предусматривал разделение всей территории государства на две части: опричнину, взятую в особое царское управление, и земщину, которой должны были ведать бояре. В состав опричнины входила часть Москвы, Вязьма, Можайск, Вологда, Кострома и некоторые другие города и земли.
Землевладельцы, не вошедшие в царскую опричнину, должны были покинуть свои вотчины. Им предоставлялись земли в отдаленных местах. Владения выселенной знати дробились и передавались опричникам — людям, служившим в опричнине. Опричнина, охватившая значительную часть государства, разорила прежние удельные гнезда, значительно ослабила экономическое могущество старых боярско−княжеских родов.
Одновременно было создано опричное войско. Опричники были призваны «грызть» царских изменников и «выметать» из государства измену. В знак своего предназначения они прикрепляли у седла лошади голову собаки и метлу. Начались массовые ссылки, казни, насилия опричников над боярами и помещиками, заподозренными царем в «изменах».
Действия опричников, массовые казни вызвали недовольство большинства населения страны. В 1566 году на Земском соборе царю была подана челобитная об отмене опричнины. Ответа пришлось ждать недолго − челобитчики были казнены. Митрополит Афанасий в знак протеста против злодейств опричников сложил с себя сан. Новый митрополит Филипп Колычев смело обличал царя и требовал отмены опричнины. Во время службы в Успенском соборе опричники набросились на митрополита и сорвали с него церковное облачение. Затем он был сослан в один из тверских монастырей и задушен там ближайшим помощником царя Малютой Скуратовым.
Свой главный удар опричнина нанесла по тем силам, которые могли нести угрозу самодержавной власти царя. В 1569 году царь расправился со своим двоюродным братом Владимиром Старицким. Услышав, что он якобы замышляет отравить царя, Иван приказал дать яд Владимиру, его жене и дочери. Так было ликвидировано последнее удельное княжество на Руси.
Давно тревожил Ивана Грозного и вольнолюбивый Новгород, не забывший своих вечевых традиций. В декабре 1569 года, получив донос о боярском заговоре, Иван выступил в поход против древнего города. Опричники грабили встречавшиеся на пути города и села, подвергали насилию и казням их жителей. В самом Новгороде кровавая расправа и грабеж продолжались около шести недель.
«Победоносно» закончив Новгородский поход, опричное войско в 1571 году пропустило к Москве крымского хана Девлет−Гирея, который сжег столицу. На следующий год крымские татары повторили свой набег. Царь был вынужден объединить отряды опричников и земщины. Во главе объединенного войска был поставлен опытный полководец князь Михаил Воротынский. В 1572 году в бою у деревни Молоди (50 км южнее Москвы) силы Девлет−Гирея, превосходившие в два раза войско Воротынского, были разгромлены. Эта победа показала необходимость иметь единое войско.
В период опричнины Иван Грозный добился резкого усиления своей власти. Осенью 1572 года опричнина была отменена. Царь даже запретил под страхом смерти упоминать это слово. Но казни продолжались. Теперь Иван Грозный расправлялся с самими опричниками.