В соответствии с данными, полученными в результате исследований в области эволюционной биологии, учёные считают, что голосеменные растения появились позже, чем папоротники, плауны, хвощи и мхи.
Остатки голосеменных появляются позже, начиная с каменноугольного периода, и достигают своего расцвета в мезозойскую эру. Эти данные подтверждают эволюционное развитие: голосеменные имеют более сложное строение и адаптации, такие как семена и защита эмбриона. Это позволило им занять господствующее положение после изменений климата и сокращения болотистых территорий.