В результате хозяйственной деятельности людей водоёмы загрязняются загрязняющими веществами и токсичными соединениями. Например, промышленные предприятия могут сбрасывать неочищенные промышленные сточные воды в ближайшие к ним водоемы. С сельскохозяйственных полей поверхностным стоком могут вымываться минеральные удобрения и навоз животных. Кроме того, в водоемы может попадать бытовой мусор.