Хламидомонада используется в очистных сооружениях, для определения токсичности загрязнённой воды и для получения водорода. Также в фармацевтической промышленности зеленые водоросли используются для полученеия средств при нервных заболеваниях, также они оказывают иммуномодулирующее, антиоксидантное действие.