Накапливание продуктов обмена у растений происходит в вакуолях клеток, в специальных хранилищах, например, в млечных ходах у молочая или в смоляных ходах у хвойных. У многолетних растений для этого служат кора, а иногда древесина.
Удаление всех ненужных веществ у растений происходит через корни и опавшие листья. К осени в клетках листьев собирается большое количество вредных веществ, которые естественным путем удаляются из растения.
Через специальные железы в структуре растений выделяются в атмосферу летучие вещества, включая эфирные масла. Так происходит, например, у мяты, эвкалипта, мелиссы. Через устьица и чечевички коры у деревьев происходит выделение углекислого газа.