При участии бактерий в природе происходит разложение сложных органических веществ (растительных и животных остатков) до простых минеральных соединений, которые вновь могут быть использованы растениями.
Человек издавна учитывает способность некоторых видов бактерий вызывать процессы брожения для приготовления простокваши, творога, сыра, квашеной капусты и солений, а также силоса на корм скоту. В микробиологической промышленности бактерии выращиваются для получения антибиотиков, витаминов и других веществ. Для очистки сточных вод в специальных очистных сооружениях культивируются бактерии, разлагающие органические остатки.