В аппарате Гольджи происходит окончательное формирование структуры белков, синтезируемых на рибосомах гранулярного ретикулума. Далее эти белки или хранятся в самой эндоплазматической сети, пока они не понадобятся клетке, или упаковываются в мембранные пузырьки, которые отчленяются от аппарата Гольджи и выносятся наружу. Кроме того, в этом органоиде происходит сборка фрагментов биологических мембран для строительных нужд клетки. Таким образом, аппарат Гольджи выполняет синтетическую, запасающую, строительную и секреторную функции. Кроме того, в нём происходит формирование лизосом.