Вакуоли образуются из пузыреобразных расширений эндоплазматической сети или из везикул комплекса Гольджи и присутствуют во всех растительных и грибных клетках, а также в клетках многих протистов. Вакуоли хоть и образуются временно, но их можно считать органоидами клетки, так как они тесно связаны с выполняемыми в клетке функциями и располагаются в цитоплазме.