Строение, ультраструктура и функционирование клеточных органоидов исследуется в настоящее время с помощью следующих основных методов цитологии:
• световая и электронная микроскопия;
• темнопольная микроскопия;
• фазово−контрастная микроскопия;
• поляризационная микроскопия;
• люминесцентная микроскопия, используемая для изучения строения, ультраструктуры фиксированных клеток
• дифференциальное центрифугирование, позволяющее выделять отдельные органоиды и анализировать их цитохимическими, биохимическими, биофизическими, и другими методами.