В главе "Сирота" романа А. С. Пушкина "Капитанская дочка" Пугачев принимает решение помиловать Марью Ивановну и отпустить их с Гриневым жить счастливую жизнь. Я думаю, этому служат несколько факторов. Во−первых, конечно, отношения с Гриневым и то, как достойно Петр себя зарекомендовал. Пугачев понимает, что честнее и ближе, чем с этим офицером "с противоволожной стороны баррикады" давно ни с кем не общался. Он уважает Гринева за мужество говорить прямо, за его непоколебимую позицию. Поэтому формально Пугачев делает очередное милостливое одолжение влюбленному и сознавшемуся в этом Петру. Во−вторых, все−таки какие−то нравственные ценности у Пугачева есть, и, видимо, истязание сирот в его картину мира не укладывается. Смутило самозванца только упоминание отца−капитана, но Гринев не юлил и не пытался извернуться, признался, что так и есть, Маша − сирота капитана Миронова. Однако, мертвый родитель уже никакой угрозы для Пугачева не представлял, как и бедная девушка.
Следующая причина − поведение Швабрина. Думаю, отчасти Маша была "отдана" Гриневу, как наказание Швабрину за его отношение к новой должности (он злоупотребил положением), за вранье и подпорченную репутацию пугачевской свиты (если предположить, что кто−то из них еще переживал о репутации).