Илья Мечников является одним из основоположников эволюционной эмбриологии, первооткрывателем фагоцитоза и внутриклеточного пищеварения, создателем сравнительной патологии воспаления, фагоцитарной теории иммунитета, теории фагоцителлы. Именно он обнаружил, что некоторые лейкоциты способны двигаться, подобно амёбам, и захватывать чужеродные частицы в крови. Эти клетки И. И. Мечников назвал фагоцитами, то есть пожирателями, а открытое явление − фагоцитозом. Теория фагоцитоза заложила краеугольный камень клеточной теории иммунитета и процесса иммуногенеза в целом с учетом клеточных и гуморальных факторов.