Цвет водорослей не является основным критерием в современной систематике растений, потому что он зависит от состава пигментов, которые могут быть сходными у совершенно разных групп организмов. В систематике важнее учитывать другие признаки: строение клеток, особенности размножения, генетическую информацию и происхождение. Например, красные, зелёные и бурые водоросли имеют разное строение и происхождение, несмотря на их цвет. Таким образом, цвет является лишь одним из дополнительных признаков, но не определяющим.