Массовое развитие водорослей в водоёме может привести к "цветению" воды, что ухудшает качество воды. Это может вызвать недостаток кислорода в воде, так как при разложении водорослей потребляется много кислорода. В результате страдают рыбы и другие водные организмы. Также может нарушиться баланс экосистемы, так как водоросли вытесняют другие виды и нарушают нормальное развитие водной флоры и фауны.