В основу классификации водорослей учёные включают данные молекулярной биологии, особенности строения жгутиков, пластид, деления ядра и клеток. Водоросли делят на отделы, такие как Красные, Зелёные, Харовые и Бурые, а их тело может быть одноклеточным, нитевидным, листовидным или достигать больших размеров.