Инфузории имеют более сложное строение, чем другие простейшие, потому что у них есть два разных по функциям и строению ядра: большое ядро отвечает за обмен веществ, а малое — за наследственность и участие в конъюгации. У них постоянная форма тела благодаря специальным волокнам в цитоплазме. Также у инфузорий есть реснички для движения, сократительные вакуоли для удаления воды и защитные трихоцисты. Всё это делает их более сложно устроенными по сравнению с другими простейшими.