Систематика простейших вызывает дискуссии из−за их многообразия, отсутствия универсальных признаков для классификации, эволюционных особенностей, а также постоянного открытия новых видов. Простые организмы сильно различаются по морфологии и физиологии, не имея четких признаков для выделения в отдельные группы. Некоторые из них обладают признаками как прокариот, так и эукариот, что затрудняет классификацию. Регулярные открытия новых видов также требуют пересмотра существующих систематик, что делает их классификацию предметом обсуждений среди ученых.