Археи были выделены в отдельный домен, потому что они имеют уникальные особенности, отличающие их от бактерий и эукариот. Например, их плазматическая мембрана состоит из одного слоя, что делает архей более устойчивыми к экстремальным условиям. Археи также имеют отличия в генетическом материале, таких как структура рибосом и РНК, а их метаболизм включает процессы, которых нет у других организмов, например, производство метана. Археи могут существовать в экстремальных условиях, таких как высокая температура, солёность или кислотность. Считается, что археи более близки к эукариотам, чем к бактериям, что также подтверждает их выделение в отдельный домен.