Археи наиболее распространены в экстремальных условиях, таких как вулканические горячие источники, термальные источники с температурой до 100°C, а также в местах с высокой кислотностью и солёностью, например, в Мёртвом море и соляных озёрах. Они могут жить в подводных гидротермальных источниках с температурой до 113°C, в болотах, под километровыми слоями льда в Гренландии, а также в кишечнике травоядных животных. Археи встречаются даже на поверхности океана, в почвах и озёрных отложениях.