Некоторые простейшие паразиты питаются бактериями и мельчайшими органическими частичками, а потому могут использоваться в качестве биологической очистки водоемов. Простейшие, обитающие в желудках коров, оленей и антилоп, помогают этим травоядным животным переваривать пищу. Также их можно применять и как корм для раков, личинок моллюсков, мальков рыб.
Многих простейших паразитов можно использовать в лабораторных исследованиях, чтобы разрабатывать различные лекарственные препараты, вакцины против болезней, которые они вызывают.