Снаружи тело корненожки (амёбы) покрыто тонкой эластичной цитоплазматической мембраной — плазмалеммой. Плазмалемма играет важную роль в регуляции проникновения в клетку веществ и их выходе в окружающую среду. Также у корненожек есть ядро, которое отвечает за хранение наследственной информации организма. Есть цитоплазма, в которой содержатся все жизненно важные органеллы клетки и которая отвечает за перемещение питательных веществ и выделение вредных продуктов обмена. Из цитоплазмы образуются выступы формирующие ложноножки, с помощью которых корненожка передвигается. Есть пищеварительная вакуоль, которая отвечает за переваривание веществ.