Как вы понимаете выражение сердце прикажет? Близко ли оно по смыслу выражениям служить по душе, служить по совести?
Сердце прикажет − сердце может приказать делать только что−то хорошее, что не противоречит совести.
Значит эти выражения тоже близки по смыслу. Сердце может приказать служить только по совести.