Но гипотеза Опарина−Холдейна имеет и слабую сторону, на которую неоднократно указывали её оппоненты. В рамках этой гипотезы не удаётся дать ответ на главный вопрос: как именно произошёл качественный скачок от неживого к живому? Ведь для репликации нуклеиновых кислот необходимы белковые ферменты, а для синтеза белков − нуклеиновые кислоты.