В природе имеют место симпатрическое видообразование − в популяциях, занимаемых определённую территорию, появляются независимые группы особей, с биологическими различиями. Они, не имея возможности скрещивания, друг с другом, образуют новый вид. Например, две разных формы люцерны – серповидной и клейкой. Одна произрастает внизу гор, другая – наверху.
Также в природе имеет место быть аллопатрическое (географическое) видообразование. Новые виды образуются при изолировании пространством (водоёмы, горы, пустыни) и отличиями в климатических условиях. Происходит двумя способами: фрагментацией при распадении ареала родителей или расселения исходных групп. При этом возникшие группы находятся в ареалах, не сообщающихся с родительскими местами обитания. Например, два подвида американских белок и три − голубой сойки, их местообитание − Северная Америка, но разные географические районы.